A nindzsáknak megadódik az a különleges lehetőség, hogy hetente elmehetnek EGY különleges, ranghoz kötött küldetésre, amin értékes jutalmakat, és nagy mennyiségű chakrát is ryot is szerezhetnek. A küldetéseket sorrendben kell véghezvinni, és ha már megvan a jutalom jutsu vagy fegyver, akkor az árát kapod meg jutalmul.

1. küldetés: A Hó Országának Hercegnője (Genin rang szükséges hozzá)

A csapatoddal egy népszerű filmet néztek, ami egy hercegnőről szól, aki nagy erejével védelmezi az országát. A film végignézése után belefuttok a színésznőbe, aki a hercegnőt alakítja és éppen menekül. Sikeresen utoléritek, és kiderül, hogy a Hó Országába kell mennetek vele, ahol ő a megölt király lánya, tehát a trón jogos örököse. Viszont az országot uraló zsarnok mindenképpen meg akarja őt öletni, így a ti feladatotok lesz a védelme.

Jutalom: 5.000 Chakra

2. küldetés: Gelel Köve (Chunin rang szükséges hozzá)

Egy misztikus erővel rendelkező kő rossz kezekbe jutott, így a jelenlegi tulajdonosa, egy ősi misztikus erőt akar vele felébreszteni, ami természeti katasztrófákat okoz, valamint egy teljesen új testet ad neki. Téged küldenek ki, hogy állítsd meg az ámokfutását.

Jutalom: Gereru no Sho - Gelel Könyve és általad választható 5.000 ryo összesített értékig terjedő fegyverek

3. küldetés: A Vándorló Herceg (Chunin rang szükséges hozzá)

Egy trópusi ország hercegének a karavánját kell kísérned, aki csak úgy szórja a pénzt az útja során, így a nála lévő vagyonokat érő árúk miatt vonzó célpont lehet a banditák számára, valamint az országában sem túlzottan népszerű, ezért sokan szeretnék halottként látni, tehát fontos az óvatosság ennél a küldetésnél.

Jutalom: 15.000 Ryo

4. küldetés: Egy Ősi Démon (Jounin rang szükséges hozzá)

Azt a feladatot kapod, hogy egy papnőt védelmezz, akinek látomásai vannak emberek haláláról, és mint később kiderül csak neki van meg a szükséges eszköze és jutsuja egy ősi korszakból származó démon, a Mōryō lepecsételésére, akit felkeltettek álmából, és a Szellem Hadseregével világ uralomra tör.

Jutalom: Kyōka Shohō: Chakura Chūnyū - Megerősített Előírás: Chakra Injekció

5. küldetés: Az Ég Földje (Jounin rang szükséges hozzá)

A Második Nagy Nindzsa Háború során legyőzött falu eldöbtötte hogy bosszút fog állni a nindzsa világon, és ezért a repülő városukban lévő különleges gépezeteikkel támadást indítottak, ráadásul a vezetőjük koránt sem egy átlagos ember, egy bijuuéhoz hasonló titkos hatalommal bír, ami méginkább megnehezíti a küldetést.

Jutalom: chakra egy választott bijuutól

6. küldetés: A  Nindzsa Háború Veszélye (Jounin rang szükséges hozzá)

Egy rejtélyes nindzsa jelent meg, aki vérörökségeket gyűjt ahhoz, hogy elérje az úgymond tökéletes nidzsa létet, amihez már csak egy vérörökségre van szüksége, és miatta képes akár kirobbantani a Negyedik Nagy Nindzsa Háborút is, ahol ő és a kimérái támadják meg az összes nindzsa falut.

Jutalom: Egy szabadon választható vérörökség a Perzselő Elem, a Robbanás Elem és a Mágnes Elem közül

7. küldetés: Az Elveszett Torony (ANBU, Különleges Jounin vagy Chūbu rang szükséges hozzá)

Nagyon veszélyes küldetés, amely során időutazásra kell vállalkoznotok, hogy megállíthassatok egy bűnözőt, aki visszament az időben és megszerezte a Ryūmyaku felett az irányítást, így szinte egy teljesen kimeríthetetlen energiaforrásra, és egy elpusztíthatatlan báb testre tett szert, ezért csak nagyon körültekintően szabad rátámadnotok.

Jutalom: Kujaku Myōō - Bölcs Páva Királynő

8. küldetés: A Vér Börtöne (ANBU, Különleges Jounin vagy Chūbu rang szükséges hozzá)

A falvad tudomására jutott, hogy egy legendás kincset akarnak használni a Fű Rejtekben élő nindzsák nem éppen jó célokra használni, és ezt az ereklyét egy speciális börtön alatt őrzik. Nincs más választásod, rabként kell beszivárognod, viszont így elzárják a chakrádat, ezért nagyon kockázatos ez a vállalkozás.

Jutalom: egy általad választott klán tagjává válhatsz, tehát megveheted a jutsuikat

9. küldetés: Tükör Világ (Sannin vagy Falu Vezér rang szükséges hozzá)

Egy olyan világba kerülsz át, ahol minden az ellenkezője a te világodénak. Így az ottani ismerőseid is teljesen másak lesznek, ráadásképpen pedig még egy előre nem várt konfliktust is meg kell oldanod, ami nem éppen egy könnyű feladat lesz.

Jutalom: Béka vagy Kígyó senjutsu (ha már birtoklod az egyiket, akkor a küldetés elvégzése után képessé válsz a másik használatára is)

10. küldetés: Visszaszámlálás a Pusztulásig (Kage rang szükséges hozzá)

Itt a vég, a régen kihaltnak vélt Ōtsutsuki Klán utolsó tagja elhatározta hogy elpusztítja az egész világot, és csak az összes nindzsa közös összefogásával van némi esély a túlélésre. Állj az élükre, juss el a Holdra, pusztítsd el az Ōtsutsuki Klán Szobrát, végezz az ellenfeleddel, majd szerezd meg a szemét.

Jutalom: Tenseigan - Az Újjászületés Szeme vagy ha már a birtokodban van akkor Rinnegan - Lélekvándorlás Szeme