Háborút 1 falu indíthat 1 másik ellen.

Egy háború kirobbantásához mindkét falunak kell hogy legyen egy kagéja, aki a seregeket irányítja és a mozgásukat koordinálja.

Több csatát is lehet vívni ahol a falu shinobijai vezetik a seregeket. Egy nagyobb háborúba becsatlakozhatnak a többi falvak is, így létrehozva bizonyos frakciókat és szövetségeket egymás között.

A vesztes falut/ frakció falvait és nindzsáit a győztes szabadon kifoszthatja. Ami azt jelenti hogy a vesztes falu tagjai ryojának és fegyvereinek a felét elvehetik.

Chūbu rangtól lehet hadüzenetet küldeni egy falunak. Egy adott falu 2 hetente küldhet hadüzenetet

A megtámadott falu megveheti magának a békét, ehhez viszont a támadó falu minden tagjának fizetniük kell 15.000 ryot. Illetve egy béke vétel után 2 hétig támadhatatlanná válnak.

Ezeket a katonákat lehet megvenni:

Chuninok

Képzett katonák, akik értenek a csapatban való harcolás művészetéhez.

Ár: 20.000 Ryo/10.000 darab

Jouninok

Egy igazi elit nindzsákból álló sereg, akik igen képzettek, egy nagyon erőteljes sereg.

Ár: 35.000 Ryo/10.000 darab

ANBU

Egy titkos bérgyilkos hadsereg, akik az árnyak közt lopakodva jutnak el célpontjaikhoz, és ölik meg őket.

Ár: 50.000 Ryo/10.000 darab

Egy falunak maximum 15.000 katonája lehet.

A háborúkban különleges szerepet élvez az Akatsuki. A többi falu felbérelheti a tagjait másik falvak ellen, vagy akár összefoghatnak a falvak, és egy közös támadással próbálhatnak meg véget vetni káros tevékenységüknek.